生物芯片的第一个应用领域是检测基因表达,但是将生物分子有序地放在芯片上检测生化标本的策略具有广泛的应用领域。除了基因表达分析外,杂交为基础的分析已用于基因突变的检测、多态性分析、基因作图、进化研究和其他方面的应用,微阵列分析还可用于检测蛋白质与核酸、小分子物质及与其他蛋白质的结合,但这些领域的应用仍待发展。对基因组DNA进行杂交分析可以检测DNA编码区和非编码区单个碱基改变、缺失和插入,DNA杂交分析还可用于对DNA进行定量,这对检测基因拷贝数和染色体的倍性是很重要的。